重建的百花古寺，以原百花古寺为基础，北靠南香山，中据万佛塔，以广州古刹大佛寺“大佛”之形为规划布局，步步入景，蔚然天成。百花古寺共分为六个区域：防护绿地区、百花广场区、寺庙礼佛区、佛教文化艺术中心区、百花佛教教育区和百花慈善中心区。

寺庙礼佛区建筑群以中轴线对称为布局，依地势而建，并使用具有唐代特征的廊院形式，

主要建筑风格为中唐、晚唐样式。规划布局中轴线，依次为百花广场一一山门一一放生池一一天王殿（钟、鼓楼）一一大雄宝殿一一法堂、藏经楼，并结合两侧的文殊殿、普贤殿、祖师殿、伽蓝殿、方丈楼、僧寮、斋堂、念佛堂、禅堂等，依山势而建，层层叠嶂，形成一个集祈福、弘法、教化、禅修等多功能综合性、气势恢宏的佛国净土寺庙群。

复建的百花古寺其他主要建筑还有：罗汉堂（供奉五百罗汉）、博物馆、训育院、研究院、莲花书院、百花精舍、竹林精舍、百花斋、弥陀村、慈善医院、上客堂、客堂、云水堂、闭关房、香积厨、管理中心、佛教心灵关爱中心、服务中心等具有震撼力的佛教建筑群，初步预计投入资金15亿元人民币。