因缘际会，在广州市增城区有关部门的大力支持和帮助下，百花古寺于2013年被政府宗教部门批准筹备重建。2013年6月14日，增城市相关部门备案批复，筹备建设百花古寺

相关事宜。2013年11月30日（农历十月二十八日）广州市增城区百花古寺奠基仪式在增城南香山隆重举行，广州、增城及周边省市的领导、诸山长老、大德法师、护法居士及各界来宾3000余人参加了奠基典礼。

目前，百花古寺占地300亩，鉴于复建百花古寺起点高、影响力大，特礼请广东省佛教协会常务副会长兼秘书长、广州市佛教协会会长、大佛寺住持耀智大和尚承担起重建和中兴百花古寺的重任。