雍正十一年（公元1733年）四月十一日，世宗皇帝向全国颁布谕旨，整顿僧伽。广州知府刘庶接旨后，即选大佛寺作宣旨之所，特于殿前建宝谕亭。同时在大殿两侧，增建韦驮、伽蓝二殿及僧舍，在寺院外街建东西两座门楼东标“佛境”，西榜“禅林”。此时寺院范围东起今之北京路，西枕龙藏街，南连惠福东，北接西湖路。佛事兴旺，寺僧倍增，为开山以来最鼎盛时期。与光孝、华林、海幢、长寿（位于长寿路，已废）四寺齐名，合称“广府五大丛林”。

道光十九年（公元1839年），林则徐以钦差大臣身份到广州查禁鸦片，将“收缴烟土烟枪总局”设在大佛寺内（参见《对西方挑战的首次回应—鸦片战争》图片集196页）。

咸丰年间（公元1851-1861年）太平天国起义，粤府借此机会占用大佛寺西边的大半僧舍设立善后局。僧人失去寺务管理权，纷纷离寺，仅余3人看管寺门。民国初年，当局占用殿宇设立“广州市政公所”。民国十年（公元1921年），广府五大丛林寺僧及知名居士鉴于“世风日下，人欲横流，功利之说甚盛，道德之基益摇”，在大佛寺联名发起并组织建立广州佛教阅经社，以佛教文化及教义影响社会、净化人心。此举深得孙中山大总统嘉许，并亲笔书赠“阐扬三密”四字大匾（墨迹沿存，现已复制展出）。