两王平定全粤后，尚可喜因屠城惨烈，良心有所发现，遂生营造庙堂之念，以此或可达到“放下屠刀，立地成佛”之愿。于是召集僧侣，商议建寺。顺治十八年（公元1661年）五月，适清政府封安南（今越南）王都统使莫敬耀为归化将军，以其子元清为都统使，元清随安南王上京朝觐时，顺路观光百粤。尚可喜在拱北楼置酒迎送。事前告诉寺僧到席间化缘，恳求资助木材。安南王即席表态：满足所求。大批优质楠木，很快便运到广州。康熙二年（公元1663年）春，尚可喜自捐王俸，重建佛寺，并亲自董理，于翌年冬竣工。主要建筑有：头门、钟楼、鼓楼、天王殿、大雄宝殿、毗卢殿，两侧建廊庑、方丈室、香积厨、斋堂、库房、僧舍、客堂。殿宇布局及制式，悉仿京师官庙，寺中诸佛像及范金，亦仿北方艺术风格。大雄宝殿正中供奉以黄铜精铸的3尊三世佛像，各高6米、重10吨，成为岭南之冠，故取名“大佛寺”。